Universiteti “Eqrem Çabej” i Gjirokastrës u krijua në datë 12 Nëntor 1991, mbi bazën e Institutit të Lartë Pedagogjik, që ishte çelur më 1971. Ai është institucioni më i rëndësishëm arsimor, shkencor e kulturor i Rajonit Jugor të Shqipërisë.

Arsimi i lartë në Gjirokastër, deri sa u kalua në themelimin e Universitetit ka patur një traditë dhe përvojë të konsiderueshme. Më 1968 hapet Filiali i Fakultetit Ekonomik (pa shkëputje nga puna) të Universitetit të Tiranës. Një vit më vonë (1969) hapet dhe dega e Agronomisë, si Filial i Institutit të Lartë Bujqësor. Po në këtë vit u hap gjithashtu Instituti Pedagogjik 2-vjeçar, si dhe u hap dhe funksionoi për 5 vjet Filiali i Institutit të Kulturës Fizike “Vojo Kushi”.

Mbi bazën e kësaj përvoje në vitin 1971 fillon veprimtarinë e tij Instituti i Lartë Pedagogjik 3-vjeçar. Në 1981 Instituti i Lartë Pedagogjik 3-vjeçar, shndërrohet në Institut të Lartë Pedagogjik 4-vjeçar. Për një periudhë prej 10 vjetësh, Instituti i Lartë Pedagogjik 4 – vjeçar u kompletua me të gjitha profilet e përgatitjes së mësuesve, u ndërtua korpusi i ri me të gjitha mjediset e nevojshme për mësim, si dhe godina e konviktit.

Nga viti 1994 e në vazhdim, Universiteti “Eqrem Çabej” filloi funksionimin mbi bazën e departamenteve. Sipas Vendimit të Ministrisë së Arsimit të datës 27.10.1994, filluan të funksionojnë tre fakultete dhe 10 departamente.

Në datë 05.12.2007 Fakulteti i Shkencave Shoqërore dhe Fakulteti i Edukimit bashkohen dhe krijohet Fakulteti i Edukimit dhe Shkencave Shoqërore.

Aktualisht Universiteti “Eqrem Çabej”, Gjirokastër ka në përbërje tre fakultetesh:

Fakultetin e Edukimit dhe Shkencave Shoqërore,

Fakulteti i Shkencave Natyrore,

Fakulteti Ekonomik.